Мрачная атмосфера в Tokyo Babel позволяет отправиться в мир, где сражаются между собой выжившие ангелы из Небесных Врат и демоны, прибывшие из Царства Ада. Пользователи погружаются в визуальную интерактивную новеллу, где предстоит пройти долгий путь искупления за грехи прошлого и добраться до рая. Герои будут проходить семь уровней Вавилона, чтобы дойти к Лестнице Иакова и получить возможность освободиться от оков мучений и угнетенного бытия в лимбо.

Сюжет в Tokyo Babel повествует про разрушенные планы паломников, когда начинается загадочная паника и безумие среди людей. Игроки будут наблюдать за происходящими событиями и направлять центральных персонажей истории к первоначальной цели, стараясь справляться со всеми трудностями на пути. Трудные испытания будут проверять волю и характер протагонистов, подкидывая постоянные моральные дилеммы, с которыми придется разбираться геймерам. От выборов и предпринятых решений будет зависеть будущее героев и их возможность получить искупление за грешную жизнь на земле.

Главным героем становится юноша по имени Тендо Сецуна, который повстречает спасительницу Лилит, известную среди как Ночная Ведьма. Совместными усилиями ребята продолжают путешествие по Токийскому Вавилону и ищут варианты для самопожертвования и благодетели, чтобы очистить свои души и найти гармонию в хаотичной вселенной.