Проект воспитания Аянами погружает в атмосферный мир визуальной новеллы, нарисованной в аниме стилистике. Сеттинг затрагивает персонажей из тайтла Евангелион, где на центральную роль выходит девушка по имени Рей. Игрокам предстоит управлять жизнью молодой девчонки с раннего детства, направляя её поступки и разрабатывая план действий для тренировок. Подбирая расписание для симпатичной девчонки, получится проследить за переменами в характере и внешности героини, получающей по ходу обучения определенные навыки и боевые умения, которые подбирает в графике занятий геймер.

Главной целью в Ayanami Raising Project становится поиск продуктивного подхода к развитию девчонки, чтобы постоянно поддерживать в стабильном состоянии физические и умственные способности. Сюжетная линия повествования крутиться полностью вокруг Рей и её подружки по имени Аске, где за сердца дам борются младший лейтенант, командир Гэндо Икари, тройной агент Рёдзи Кадзи и дитя Синдзи Икари. Пользователи будут разбираться в любовных интригах, выбирая желаемого партнера для героини интерактивного романа.

Погружаясь в атмосферу воспитания протагонистки, игроков ожидает:

• Полноценный контроль над расписанием и действиями персонажа.
  
• Решение моральных проблем, касающихся личной жизни девушки.
  
• Общение с другими личностями, признающимися в любви красотке.
  
• Построение дружеских или романтических отношений между героями.