Визуальная новелла Three Sisters' Story позволяет игрокам прочувствовать жизнь одинокого паренька по имени Коити Санада, что рано лишился отца, совершившего самоубийство. Мужчина не выдержал разорения собственной компании, из-за чего решился на радикальные меры. Оставшийся без папы ребенок и его старший брат жили с мамой, что через время погибает от слабого здоровья из-за больших рабочих нагрузок, желая наилучшим образом содержать и воспитать детей. Трагическая история происходит в Токио, где на улицах города выживают хитрые и приспособленные личности.

Игроки в История трёх сестер будут наблюдать за рассказом серьёзного противостояния братьев против преступника, что довел отца до разорения и испортил жизнь семейству. Герои желают отомстить ужасному человеку, которого зовут Сёдзи Окамура и проводят собственное независимое расследование. Приходится перемещаться по городу и выяснять подробности о влиятельной персоне, чтобы добраться до него или найти информацию о его грабительских махинациях, запрещенных законом Японии.

В процессе обсуждения, Коити и Эйити ссорятся и не сходятся в собственных интересах. Один считает, что они должны оставить ситуацию и двигаться дальше, в то время как другой мечтает о кровожадной мести и полноценном удовлетворении пугающего желания положить конец деятельности Сёдзи Окамуры. Пользователи будут направлять развитие сюжета, предпринимая интерактивные действия за протагониста в процессе прохождения.