Игрокам в Colony Wars приходится взять на себя роль пилота космических кораблей, что вынужден выполнять различные боевые миссии. В процессе прохождения, пользователи будут подбирать желаемые виды истребителей и комплектующие, настраивая вооружение и защитные характеристики. Геймерам предстоит погрузиться в динамичные баталии на просторах Галактики, где необходимо уничтожать вражеские цели за штурвалом космических кораблей Лиги Свободных Миров, где также есть одно перехваченное судно ВМФ. Транспорт будет оборудован комбинациями из энергетического оружия, торпед, ракет и ЭМИ-пушек.

Главной задачей для пользователей в Колони Варс становится ликвидация противников в открытом пространстве, летая в свободном режиме по карте. Придется отслеживать действия врагов, чтобы совершать перехваты ракетных атак. Выйдет использовать грейфер для захвата, а также применять прочие тактики для победы в бою. Одиночная кампания состоит из нескольких поступательных "Актов", что состоят из 3-х миссий. В игре присутствует возможность продвижения через альтернативные ветки сюжета, что будет сказываться на происходящих событиях, построении истории и концовке. Сюжет повествует про пятое тысячелетие Солнечной системы, где Земная Империя отправляет на исследование вселенной специальные экспедиционные судна, что будут изучать далекие планеты и добывать ценные ресурсы. Через время человечество открывает гиперпространственные технологии, что приводит к бунту на одной из мятежных планет. Протагонисту придется защищать собственные земли от экспансии империи, выступив в битву за свободу.