Погружаясь в мир Rebel Transmute, игроки смогут исследовать огромный аванпост на чужеродной планете. Игра выполнена в виде метроидвании с видом сбоку, где нужно бродить по двухмерным локациям и раскрывать секреты заброшенного человеческого укрепления. Атмосфера создает мрачный научно-фантастический сеттинг, где приходится сражаться с инопланетными монстрами. Главной героиней становится девушка по имени Мун Миконо, что отправилась на поиски родной матери, пропавшей среди лабиринтов военного комплекса. У девчонки выйдет посетить зеленые Заросли, флуоресцентно-розовую Коралловую трещину и Поверхность с голубыми Кристаллами.

Героиня в Rebel Transmute получает возможность:

• Освоить разные способности, такие как Spin Bash, Wall Jamp и Void Dash.
  
• Изучать запутанные сети туннелей, пещеры и секретные лаборатории.
  
• Получить до 24 боевых стилей, улучшающих умения девушки.
  
• Перепрограммировать дрона, что атакует спиралевидными лазерными лучами.
  
• Создавать блоки при помощи призываемых щупалец, отбивающих снаряды.
  
• Искать скрытые терминалы, чтобы открывать новые участки карты.

Пользователям придется погружаться к ядру планеты, из-за крушения космического корабля на Терре 6. В процессе прохождения, девушка будет сталкиваться с роботизированными киборгами и пришельцами, что оказываются враждебно настроены по отношению к протагонистке. Сражаться придется с наэлектризованными жуками, роботами и мутировавшими червями. Получится сойтись в схватке с более чем 80 рядовыми соперниками и 10 опасными боссами локаций, что охраняют ценный лут.