Rune Factory 5, как и прошлые части серии, скрещивает ролевую игру с симулятором фермы. События разворачиваются в приграничном городке Ригбарт и его окрестностях. В самом начале можно выбрать на роль главного персонажа девушку Алису или парня по имени Арес. В этом продолжении используется сюжетная завязка с амнезией. Протагонист теряет память и присоединяется к организации SEED. Он становится рейнджером и начинает защищать поселение от монстров, а также помогать жителям с их поручениями. Ему предстоит восстановить баланс между людьми и природой, что был нарушен из-за череды странных событий. В этой видеоигре присутствует возможность заводить дружеские или любовные отношения с горожанами, а также вступать в брак и заводить семью (в том числе родить ребенка). На выбор дается 12 холостяков и такое же количество холостячек с разной внешностью и характерами. У всех них есть множество уникальных сюжетных линий.

Прохождение основного сюжета занимает около 35 часов. Время прохождения при этом можно увеличить. В Rune Factory 5 есть много сторонних активностей. Можно выполнять побочные квесты, исследовать местность, спускаться в данжи, сражаться с чудовищами, приручать и разводить монстров, участвовать в фестивалях, копаться в огороде, а также заниматься кулинарией, рыбалкой и крафтом. Постепенно герой или героиня открывает новые боевые умения. Прирученные создания могут оказывать помощь в бою и помогать добывать ресурсы. Мир состоит из разнообразных биомов. Среди них есть город-призрак, древний вулкан и другие локации. Карта вместе с системой меток позволяет легче ориентироваться. В видеоигре есть смена дня и ночи, а также погодных условий. Ещё в ней меняются сезоны. Всего их 4. Времена года влияют на скорость роста посевов и поведение NPC.