Mystery Case Files: Prime Suspects - приключенческий поинт-н-клик, события которого начинаются с того, что алмаз королевы был похищен. На протяжении 22 уровней вам предстоит заниматься поисками похищенного сокровища. Вам необходимо не только вернуть алмаз на место, но и найти виновного, чтобы упрятать злодея в тюрьму. За время прохождения вы посетите около 30 уникальных локаций, полностью нарисованных от руки.

Геймплей представляет собой классический квест, где вам необходимо перемещаться с экрана на экран и находить сюжетные объекты, применяя их в определенных местах. Общайтесь с разными героями и решайте огромное количество разнообразных головоломок. Квестовые предметы необходимы для того, чтобы открывать доступ к новым уровням или ранее закрытым локациям.

В игре спрятано огромное количество подсказок, однако их также отыскать не так просто. Особенностью игрового процесса Mystery Case Files: Prime Suspects выступает процедурная генерация предметов. Каждый новый запуск меняется их расположение. Также это касается и подсказок. Таким образом повторное прохождение кампании гарантирует множество новых игровых событий, что в разы повышает степень реиграбельности проекта.