Действие Command & Conquer 3: Tiberium Wars происходит в 2047 году, когда развязалась Третья мировая война за тиберий. С помощью этого ресурса, Кейн взял под контроль Братство НОД, чтобы атаковать Глобальный Совет Безопасности и захватить оставшиеся обитаемые Синие зоны. Кампания включает порядка 35 миссий, где необходимо принимать серьезные решения, которые могут повлиять на исход боя.

Предстоит наблюдать конфликт от лица трех противоборствующих фракций: Глобальная Оборонная Инициатива, Братство НОД и скринны. Сюжет подается видеовставками, специально срежиссированных для игры. Геймплей заключается в постройке базы, ее усилении и создании защиты от врагов. В Command & Conquer 3: Tiberium Wars игрок управляет юнитами и военной техникой, среди которой наземная и воздушная боевая единица. Присутствует два вида вида ресурсов: электроэнергия и кредиты. Чтобы обеспечить постройки энергией, требуется установить специальные станции, которые можно усиливать и улучшать Тиберий представляет форму кристаллов разных цветов - синий или зеленый. Их залежи доступны на карте, которые добываются с помощью обогатителей, которые превращают их в кредиты.

Все фракции имеют отличительные и характерные черты. Несмотря на то, что общий игровой процесс остается неизменным, они имеют специальный набор возможностей, индивидуальные постройки, названия и т.д. Во время сражений огромную роль играет количество войска и превосходящая мощь. Помимо сюжетной кампании, доступен режим сражения, где можно выбрать три уровня сложности, а также настроить первоначальный тип поведения юнитов: сбалансированный, рашер, черепаха, партизан и каток.