На пиратке Serious Sam HD: The Second Encounter бесплатно позволяется играть по интернету онлайн, объединившись с другом или рандомными участниками со всего мира. Можно играть по сети, соревнуясь в мультиплеере или в одиночку проходить сюжетную кампанию. Крутой Сэм: Второе пришествие отличается от предыдущей части, поскольку появились новые виды вооружения, такие как бензопила, огнемет, снайперская винтовка и "серьёзная бомба".

Важной особенностью Serious Sam HD: The Second Encounter выступают пауэрапы. Это специальные бусты, дающие неуязвимость, увеличивающие скорость, усиливающие урон и т.п. Возможность бесплатной сетевой игры представлена кооперативом. Можно совместно проходить миссии, вместе с напарником сражаясь с ордами монстров. Сетевая игра направлена на взаимодействие между участниками, а также включает несколько режимов противостояния. В одиночку или совместно предстоит пройти множество разнообразных уровней, сложность которых повышается с каждым последующим эпизодом.

На локациях представлено огромное количество секретов и бонусов. Ими выступают боеприпасы, хилки, потайные комнаты и многое другое. Секреты дают плюс 10 000 очков. Значительно увеличились карты и повысилась их интерактивность. Египет из прошлой части сменился разнообразными картами: появилось больше растительности, прерий, долин, сконструировано огромное количество готических храмов. и многое другое. Очень важным изменением выступила система гравитации. Персонаж по-другому двигается и управляется несколько иначе, нежели в прошлой игре.