Новая часть Five Nights at Freddy's 2 основана на тех же механиках, что и оригинал, за исключением того, что действие происходит до событий, показанных в первой части. Главный герой - сторож, работающий в ресторане Freddy Fazbear's Pizza. Это не просто работа, как любая другая. Каждую ночь талисманы, зовущиеся Аниматрониками, оживают, и хоть днем они развлекают гостей, но после наступления темноты - из-за некоторого недосмотра дизайнеров - превращаются в опасных убийц.

Основная задача - пережить пять смен в вышеупомянутом ресторане. Один длится с полуночи до шести часов, что составляет чуть более семи минут в режиме реального времени. Игрок не имеет прямого контроля над Аниматрониками. Протагонист все время сидит в сторожке и стремится избежать встречи с кровожадными талисманами, способными войти через один из трех входов - коридор или две вентиляционных шахты.

Прежде всего, нужно переключаться между камерами, но есть и другие средства: можно включить свет в окнах, использовать фонарик, чтобы осветить темный коридор, или надеть маску Freddy Fazbear (она способна отпугнуть некоторых противников). В отличие от первой части, количество энергии на использование света неограниченно. Это относится только к фонарикам. Что стоит добавить, что обнаружение игрока Аниматрониками не обязательно означает смерть. В некоторых случаях также включаются 8-битные мини-игры, проливающие больше света на историю.

Как уже упоминалось, игра состоит из пяти ночей и каждая последующая сложнее, чем предыдущая. Выживание после них открывает шестую ночь - самую трудную. Пройдя ее до конца, открывается доступ к режиму Custom Night, позволяющему модифицировать игру по собственному вкусу.