Assassin's Creed Rogue переносит игроков в суматоху Северной Америки XVIII века во времена Франко-Индийской войны. В этом историческом экшене игрокам предстоит пройти путь превращения Шей Патрика Кормака из члена Братства в его самого смертоносного противника. В игре представлены морские войны в Северной Атлантике, где игроки под командованием Морриган проходят через коварные ледяные поля и вступают в бой между кораблями.

Сюжетная линия разворачивается в трех разных регионах: Нью-Йорк воссоздает Манхэттен колониальной эпохи с его шумными улицами и морской торговлей, долина реки представляет собой американский фронтир с его дикими просторами и водными путями, а Северная Атлантика ставит перед игроками задачу военно-морской разведки среди айсбергов и замерзших морей. Игроки используют арсенал Шэя, включающий пневматическую винтовку со специальными боеприпасами и улучшенными возможностями обнаружения, чтобы противостоять убийцам, прячущимся в толпе или сидящим на крышах домов. Морская боевая система основана на уже известных механиках и дополнена такими дополнениями, как маневры на ледяной раме и горящие нефтяные следы для маневрирования вражеских кораблей.

Игра изменяет традиционные элементы серии, ставя игроков в позицию охотника на тамплиеров, преследующего бывших союзников по колониальной Америке. Корабль «Морриган» служит одновременно и судном для исследования, и боевой платформой, требуя от игроков мастерства навигации по ледяным водам и защиты от абордажа убийц. Повествование переплетается с историческими событиями и локациями, связывая игроков с ключевыми моментами колониальной истории Америки, но при этом сохраняя фокус на личной мести Шей против Братства.