В DanganRonpa: Trigger Happy Havoc следует решать преимущественно криминальные загадки. Главным героем игры является Макото Наэги, выигрывающий крупную сумму в лотерею. Это позволяет ему учиться в элитной школе, куда принимаются чрезвычайно талантливые люди. 15 высокоинтеллектуальных студентов поступают в университет. Вместо того чтобы попасть в водоворот образования, они быстро понимают, что невозможно покинуть школу по-своему желанию, и единственный шанс покинуть ее пределы - убить других. Конечно, поначалу это кажется невозможным, но когда однажды персонажи обнаруживают еще теплое, но мертвое тело, становится ясно, что началась смертельная игра.

Игровой процесс напоминает японские приключенческие игры (так называемые графические истории). Расследование места происшествия, сбор доказательств, общение с другими ведет к моменту, когда нужно будет показать, кто убил. Следует читать заявления студентов на экране и использовать специальное перекрестие для проверки фрагментов, которые не соответствуют действительности. Подопечному герою Макото Наеги не нужно указывать, что именно считается промахом - игра все подскажет сама.

Процесс очень динамичный и состоит из нескольких мини-игр, в которых помимо сочетания фактов будет полезна некоторая ловкость, потому что, например, словесный поединок - это ритмичная игра, где следует "стрелять" в противника аргументами. Цель игрока - показать убийцу, заканчивающего свою жизнь эффективным исполнением приказа преступника Монокумы - человека, стоящего за этим безумием.