Shin Megami Tensei: Persona 4 повествует о приключениях старшеклассника Ю Наруками, что прибывает в деревушку под названием Инаба. Протагонист столкнется с загадочной серией убийств, что вынуждает его отправиться на расследование дела, чтобы поймать преступника. В процессе изучения местности и знакомства с жителями поселения, герой обретет волшебный навык и сможет призывать мистических созданий (древних полубогов, демонов и т.п.), что называются "Персоны". Также выйдет повстречать Теней и "двойников", что являются злобными монстрами, терроризирующими местных горожан.

Сюжетная линия в Persona 4 покажет авантюры группы школьников, что создадут Исследовательскую команду (Investigation Team) и отправятся на изучение загадочной вселенной – "Телемира", откуда прибывают жуткие существа. Герой будет расследовать дело совместно с товарищем Ёсукэ Ханамуро, боевыми мастерами Тиэ Сатонаки и Юкико Амаги, медведем Тэдди, задирой Кандзи Тацуми, айдолом Рисэ Кудзикаво и сыщиком Наото Сироганэ. Главой задачей для протагониста становится поиск убийцы, что совершает преступления на территории деревни Инаба.

Геймеры также будут взаимодействовать с дядей Рётаро Додзимо, напарником Тору Адати и жителями Бархатной Комнаты – Игорем, Маргарет и Мари. Геймплейные механики позволяют передвигаться персонажем с видом от третьего лица, выполнять квесты и общаться с второстепенными НПС. Юзеры будут посещать разнообразные локации: "школа", "заведения" в которых будет работать Ю Наруками и "Телемир" (альтернативная вселенная), где происходят сражения и исследование темных подземелий. В игре присутствует 3 периода для действий: "Утро", "После школы" и "Вечер". Это вынуждает геймеров продуманно распоряжаться ограниченными временем, оказывая влияние на развитие истории.