Tom Clancy's Rainbow Six 3: Athena Sword предлагает стать частью элитного подразделения полиции, которое специализируется на устранении угроз терроризма. В задачи этого отряда входил непосредственно борьба с особенно опасными преступными организациями, действия которых влекут за собой гибель сотен и даже тысяч невинных граждан. Помимо ликвидирования самых бандитов они обязаны освобождать заложников и разминировать бомбы, что требует от них массы специфических навыков.

Сюжетная кампания Tom Clancy's Rainbow Six 3: Athena Sword даст возможность поучаствовать в более чем 10 сложных миссий, в которых личный скилл стрельбы пользователя отыгрывает куда меньшее значение, нежели грамотное планирование действий и командная работа. Во время выполнения заданий героям нельзя допускать гибели гражданского населения. Если же такая ситуация случилась, то прохождение на этом не закончиться, однако повлечет за собой довольно неприятные последствия.

В арсенале бойцов находится современное огнестрельное вооружение, включая штурмовые винтовки, пистолеты с глушителями, дробовики. Также имеется взрывчатка и гранаты, которые дают возможность эффективно поражать цели в закрытом пространстве и взламывать стены, а также запертые двери. Присутствуют и особые гаджеты, вроде очков ночного видения, которые позволяют действовать солдатам в кромешной темноте и дают необыкновенное преимущество перед противником.