Rooten скрещивает адвенчуру с хоррором и симулятором ходьбы. В отличие от многих других инди-хорроров, здесь используется вид от третьего, а не первого лица. Герой перемещается по трехмерному пространству, однако всё объекты в нём плоские. Из-за этого проект напоминает своим визуальным стилем картонную диораму. Графика здесь мультяшная. Она сочетает в себе 3D и 2D. Дизайн похож на флеш-игры из начала двухтысячных годов. В инди-тайтле есть смена дня и ночи. Также присутствует небольшой открытый мир, плотно наполненный разными событиями. Пользователь может свободно бродить по мрачному Лесу и заходить в единственный доступный для посещения дом. На локациях иногда встречают противники. С ними можно сражаться.

Рутен повествует о приключениях мужчины, что был доставлен вертолетом на исследовательскую станцию где-то в глуши. Ему нужно было посетить это место по поручению начальства, чтобы исследовать странные грибы и написать отчёты. Однако там протагонист обнаружил, что его никто не вышел встречать. Поскольку винтокрылая машина вернется только через неделю, то ему необходимо продержаться все 7 суток. В результате научный сотрудник начинает бродить по лесу в полном одиночестве и ощущать присутствие некой загадочной сущности, что очень сильно им интересуется по какой-то таинственной причине. Сам сюжет нелинейный. Действия игрока влияют на концовку.