Operation Zeta представляет собой экшен-рогалик в космосе. Вселенная генерируется случайно при каждом новом прохождении. Также рандомно выбираются неписи и противники из общего списка, что насчитывает около 100 существ. Если пользователь умирает, то он сохраняет часть предметов и кредиты. В перерывах между забегами эту валюту можно потратить на приобретение перманентных улучшений. В игре есть 14 персонажей: улитка, кот, акула и так далее. 13 из них изначально заблокированы. Для получения доступа к ним надо выполнять разные задания. Геймплей за разных героев немного отличается, как и сложность. С самого начала можно управлять только человеком. Эта видеоигра позволяет путешествовать между планетами, высаживаться на них и пешком бродить по их поверхности. Планетоиды различаются между собой гравитацией.

Операция Зета – это кодовое название битвы, которую проиграл герой. Его корабль был практически уничтожен. После разгрома протагонист ищет детали и пытается починить свой звездолет. Его задача состоит в том, чтобы убраться с поля боя до того, как враги уничтожат эту локацию своим мощным оружием – лазером смерти. Так что игрок тут ограничен по времени. Ведущий обратный отсчет таймер расположен в верхнем правом углу экрана. Юзеру здесь предлагают сражаться с пришельцами, искать апгрейды для 2 типов оружия, исследовать карту и решать головоломки. При этом ему необходимо следить за уровнем кислорода и запасом здоровья.