Super Onion Boy 2 показывает приключения Лукового Мальчика, что вынужден отправиться на спасение принцессы. Девушка оказалась в лапах ужасного монстра, а протагонист тем временем просыпается среди леса и желает добраться как можно быстрее к противнику. Игра является классическим двухмерным платформером с видом сбоку, где игрокам приходится передвигаться по пиксельному миру и преодолевать ландшафтные препятствия при помощи прыжков. Персонаж способен бегать, собирать бонусные монетки и звезды, а также находить сундуки с ценными сокровищами и волшебными зельями. Юзеры смогут пройти одиночную кампанию, что состоит из поочередно усложняющихся аркадных уровней.

Геймеры в Супер Онион Бой 2 будут сражаться против рядовых противников, чтобы добраться до финального босса. Каждая локация представляет собой природный биом, где приключение начинается среди лесной чащи. Получится побывать среди небесных тучек, погрузиться под землю, поплавать под водой и посетить пустыню. Главной задачей для протагониста становится пересечение преград и ловушек, что выполнены в виде опасных лезвий, шипов или ям с лавой, куда нельзя падать. При получении урона, персонаж теряет здоровье (зеленые сердечки) и вынужден начинать прохождение уровня с последней контрольной точки, где было проведено сохранение. Необходимо аккуратно передвигаться, устраняя врагов при помощи точных прыжков им на голову.