Touhou Mystia's Izakaya отправляет геймер в вымышленный японский городок под названием Генсоке, где проживает молодая и очень обаятельная владелица местного ночного идзакай. Под этим термином принято обозначать ночное питейное заведение, где люди собираются, как правило, после ночной смены и употребляют алкогольные напитки. Протагонисткой становится красотка Мистия Лорелей, у которой есть мечта сделать все заведение самым популярным в городе.

События Touhou Mystia's Izakaya начинают происходить в тот момент, когда все надежды героини оказываются практически разрушенными. Она попадает под прицел местной очень влиятельной семьи Якумо, из-за действий которой идзакай находится на грани закрытия. Чтобы не допустить этого девушка обязана идти на поводу у тиранической семьи и стать на время их финансовой рабыней. Правда есть шанс избавиться от этого ярма – заработать много денег и завести правильные знакомства.

В дневное время суток пользователь обязан заниматься общением с другими персонажами, решать квесты и головоломки. Очень важно начать дружбу с влиятельными представителями высшего общества, ведь в будущем они помогут избавиться от ярма и сделают все возможное для заведения. Ночью же придется выполнять рутинную работу, а именно обслуживать клиентов. При этом важно записывать каждого нового посетителя и его предпочтения в блокнот, чтобы при повторном посещении максимально быстро вынести ему заказ и получить дополнительные чаевые.