Star Trek Prodigy: Supernova – это изометрический приключенческий экшен с трехмерной мультяшной графикой. Он сделан по мотивам мультсериала "Звездный Путь: Вундеркинды". Его действие происходит между сезонами. В тайтл можно играть как в одиночку, так и вдвоем за общим экраном. При этом второму геймеру понадобится геймпад. Мультиплеер здесь исключительно локальный. Персонажи всегда бегают парой. При игре в соло напарником или напарницей управляет искусственный интеллект. Между ними можно переключаться. Герои могут ходить в разных направлениях, драться вблизи, атаковать издалека, делать рывки, собирать коллекционные предметы, разрушать некоторые объекты, карабкаться. Также у них есть уникальные способности, что позволяют забираться в труднодоступные места.

Геймплей похож на видеоигры по мотивам конструктора Лего. Здесь игрок тоже бегает в сопровождении компьютерного или живого товарища, ломает всё подряд, собирая вместо пластмассовых деталей кристаллы, сражается с противниками, решает несложные загадки. После получения персонажей с новыми умениями можно возвращаться на уже пройденные уровни, чтобы с их помощью отыскать все секреты. Star Trek Prodigy: Сверхновая повествует о приключениях Гвиндалы и Дал Р'Эла. По сюжету им надо спасти своих друзей. А именно Мерфа, Янкома Пога, Рок-Тахка, Зеро. В поисках других членов команды они путешествуют на звездолёте "Протозвезда" по трем мирам, что называются Тарессэ, Мириоса, Ориси. Постепенно их задача становится всё более глобальной, и в результате героям приходится спасать всю галактику. Им также предстоит познакомиться с новым видом инопланетян и сразиться с армией роботов.