В предыстории к первой части MG - Metal Gear Solid 3: Snake Eater сюжет основан на периоде холодной войны 1964 года и вертится вокруг СССР. Союз создает стреляющий ракетами танк "Шагоход". В конфликте участвует Америка и пару других мировых государств. Нейкед Снейк, известный, как Биг Босс, оперативный сотрудник FOX, зеленый берет в прошлом. Во главе отряда боец, отправившись в Целиноярск, должен уничтожить секретные разработки нового вооружения и спасти ученого Советов.

Игровые персонажи:

• Майор Зеро - помощник героя, бывший боец спецназа Британии.
  
• Пара-Медик - женщина-врач.
  
• Сиджинт - помогает протагонисту с экипировкой и вооружением, будучи экспертом, и дает подсказки в процессе.
  
• Евгений Волгин - полковник ГРУ, стремящийся скинуть генсека ЦК КПСС Никиту Хрущёва.
  
• Босс - стоит во главе "Кобры", ранее обучала Снейка.
  
• Энд - снайпер-профи.
  
• Феар - ловкий и сверхгибкий парень.
  
• Фьюри - владеет джетпаком и огнеметом, в прошлом - космонавт.
  
• Пэйн - создатель группировки шершней, которые атакуют и защищают от недруга.
  
• Сорроу - медиум, душа которого осталась помогать товарищам.
  
• Николай Соколов - ученый, которого протагонисту предстоит спасти. Работает в сфере ядерного оружия.
  
• Ева - сотрудник КГБ, помощница Нейкеда, в процессе - его возлюбленная.
  
• Оцелот - командир Волгина, управляющий отрядом ГРУ "Оцелот".
  

Действие Пожирателя змей происходит в тропическом лесу. Основная задача состоит в проникновении незамеченным на территорию недруга и избежании с ним открытых противостояний. Снейк способен использовать разнотипное оружие - пистолеты, гранатометы. В процессе Биг Босс найдет важные предметы: датчики движения, картонную коробку для укрытия. Здесь персонаж примерит военный камуфляж для большей скрытности, испробует систему ближнего боя "close-quarters combat" - три удара подряд и возможность делать броски. Противника можно взять в плен и использовать в качестве "живого щита". В режиме Snake vs. Monkey можно пройти мини-игру, чтобы получить камуфляж Banana и маску обезьяны.

Оставаться незамеченным поможет окружение - спрятаться от врага можно в траве или забраться на дерево. На экране отображается шкала скрытности для врагов. Для ее увеличения стоит менять камуфляж и боевую раскраску. В игре есть показатели здоровья и выносливости. Снейк должен кушать, отдыхать, лечится, чтобы быть способным вести бой и продолжить прохождение.