В SpellForce 2: Shadow Wars повествует о войне между Темными эльфами в Норкейне. Они обитают в стране Лар, которая расположена в восточной части Фиары. В Шале, столице Норкейна заседает Верховный совет, который проводит колдунья с задатками алхимика Сорвина. Было решено объединить свои силы с наемниками из темного мира - Тенями. Тени убивают представителя расы Драконов Крейга Ун'Шаллаха. Он успевает предупредить Светлые народы о том, что Тени готовы к атаке, отправив к ним дочку по имени Найтария.

Существует несколько режимов для прохождения:

• Кампания - продвижение по сюжетной линии плюс возможность сохранения.
  
• Свободная игра - игрок отправляется в одиночку или с несколькими товарищами. Здесь нужно максимально прокачать протагониста.
  
• Схватка - требует уничтожить армии и базу врага, играя против ИИ либо против реальных игроков.
  

Перед прохождением юзер выбирает себе подопечного, его пол, характеристики и уровень сложности. В процессе можно развивать персонажа, а также собственную армию. Герой походит от расы людей - Шайкан, но парень имеет драконью кровь. Его отряд будет состоять из таких же людей, в жилах которых течет похожая кровь. Благодаря этому протагонист сможет воскрешать своих боевых товарищей, а также призывать их находясь на огромном расстоянии.

В процессе Спеллфорс шадоу варс 2 протагонист будет получать очки опыта для повышения уровня за выполненное задание, например, за победу над противником, уничтожение его войска, отряда, лагеря. В режиме кампании можно использовать систему связующих камней, благодаря чему возможно быстрое перемещение между островами Эо, на каждом из которых предусмотренно пару таких порталов.