Fire Emblem: Three Houses - приключенческая ролевая игра с элементами тактики, события которой развиваются в королевстве Фодлан. Центр царства - монастырь Каррег Мах. Главным героем выступает профессор академии по имени Байлет. Он по совместительству является наемником с темным прошлым. Необходимо выбрать класс персонажа и управлять группой учеников, принимая участие в напряженных битвах. В основе геймплея лежат механики тайм-менеджмента и социального симулятора.

В начале игры можно задать пол. Можно играть как мужским, так и женским персонажем. Геймплей Fire Emblem: Three Houses делится на две составляющие: бои и школьную систему. Присутствует календарь и расписание. В определенное время необходимо справляться со своими обязанностями, в то же время свободный час посвящать самому себе. Можно общаться с другими героями, выстраивать отношения, прокачивать навыки, заниматься хобби и т.д.

Прокачивая способности героя, ему открываются те или иные навыки, которые он может применять как в монастыре, так и на поле боя. Собирая свой личный состав, можно атаковать врагов при помощи специальных "гамбитов". Это может быть как суператака, так и лечение союзных войск. Если выбрать классический режим, то все павшие в бою персонажи умирают навсегда. Воскресить их становится невозможным. Казуальный режим позволяет реанимировать бойцов даже во время битвы.

Все герои имеют уникальный класс и собственный Божественный пульс - особые способности. Можно изменять класс персонажей, выстраивая особую тактику против врагов. В школе можно обучить своих подчиненных различным боевым искусствам. Каждый игрок сам формирует уникальный отряд, выбирая из множества различных комбинаций, умений, классов и т.п.