Сюжет в A.O.A. Academy рассказывает про молодого человека, в жизни которого произошли серьезные перемены. Главный герой сталкивается с экзистенциальными трудностями после смерти его отца. Большую часть времени он потратил на уход за папой, из-за чего пришлось покинуть учебу. Осознавая, что теперь ему придется заниматься фермерской деятельностью, продолжая ремесло своей семьи, ему приходит пригласительное письмо с академии. Узнав о приглашении, парень решает заняться своим образованием и поступает на первый курс. Забросив свои старые проблемы и желая начать новую жизнь, герой сможет погрузиться в насыщенные приключения, ожидающие впереди.

История в A.O.A. Academy развивается в форме визуальной новеллы, где игроку предстоит совершать выборы, от которых зависит судьба юного героя. Парень обнаружил в записке телефонный номер девушки по имени Эшли, с которой он дружил до этого. Приходится выяснять в чем дело и зачем давняя подруга решила так выручить протагониста. Игра рассчитана на взрослую аудиторию, из-за присутствующих эротических сцен, в которых будет принимать участие протагонист. Прибыв в университет, придется пообщаться с большим количеством заинтересованных в сближении девушек, чтобы приятно проводить совместное время. От действий и выборов пользователя будет зависеть развитие происходящих на экране событий, вплоть до успехов в постели с молодыми студентками.